Он родился 4 апреля 1948 года в бедной семье в деревне Амара (по-турецки Омерли) в провинции Урфа на территории Курдистана. Он был третьим из шести братьев и сестер.

Оджалан стал одной из самых значимых фигур растущего курдского национально-освободительного движения в 1980-х годах; в 1978 году он принял участие в основании Рабочей партии Курдистана (РПК), борющейся за автономию и самоопределение курдов. С 1984 года РПК отстаивала права курдов на юго-востоке Турции, участвуя в продолжительном народном восстании, в ходе которого тысячи партизан РПК сражались с турецкой армией, второй по численности армией НАТО.

В 1999 году Оджалан был схвачен в Найроби и приговорен к смертной казни по статье 125 Уголовного кодекса Турции. Когда Турция отменила смертную казнь, чтобы получить возможность реализации своей заявки на членство в ЕС, приговор, вынесенный Оджалану, был заменен на пожизненное заключение. Первые 10 лет своего тюремного срока Оджалан провел в одиночной камере как единственный заключенный на острове Имралы в Мраморном море. Эти обстоятельства на время изменились, когда в 2011 году власти Турции вели тайные переговоры с РПК. 28 декабря 2012 года турецкое правительство объявило о начале переговоров с Оджаланом, якобы имея цель положить конец существующему конфликту.

Несмотря на тяжелые условия, Оджалан продолжал активно работать над разрешением конфликта и в стенах тюрьмы. Он написал множество книг и статей об истории курдского народа, истоках конфликта и возможностях достижения мира. Давно отказавшись от идей о сепаратизме в пользу новой формы демократического конфедерализма, его тонкий анализ привел его к важным предложениям в сфере демократической реформы турецкого государства. Так, в 2011 году была создана «Дорожная карта для демократизации в Турции и решения курдского вопроса». Этот текст был незаконно конфискован турецкими властями, которые в течение 18 месяцев отказывались передать его Европейскому суду по правам человека, куда планировалось направить документ.